Infelizmente ainda não temos a funcionalidade da forma que gostaríamos. Atualmente sincroniza pelo ID do produto, o que funcionaria em um esquema multistore em que lojas diferentes possuam produtos diferentes... Importante destacar ainda que a conexão com a API é única, ou seja, uma conta do ML. Sobre dados dos clientes sim, puxa.
Temos uma série de melhorias elencadas e novas funcionalidades, porém não sei dizer que se sai ainda neste ano, a prioridade são para as correções.